El ex miembro de las Fuerzas Argentinas es investigado por 108 delitos de privación de libertad, 104 delitos de tortura y 19 homicidios y es responsable de la detención de numerosos uruguayos en el Centro clandestino Bacacay donde la coordinación la hacían también José "Nino" Gavazzo, José Arab y Ricardo Medina. 

También, además de Michelini y Gutiérrez Ruiz se realizó la desaparición forzada de Gabriela Schroeder, Victoria y Máximo Barredo, William Whitelaw, Manuel Liberoff y otros varios ciudadanos argentinos y uruguayos. 

Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz fueron secuestrados el 18 de mayo de 1976 y tres días después fue encontrado el cuerpo de Michelini en la parte trasera de un automóvil Torino que había sido robado en la tarde anterior y en cuyo baúl estaban los cuerpos de Gutiérrez Ruiz, Barredo y Whitelaw, junto a una nota que pretendió atribuir el crimen al Movimiento de Liberación Nacional presentándolo como un "ajuste de cuentas".