El ex presidente fue recluido en un cuartel militar después que la Fiscalía de Paraguay pidiera la reclusión y la inhibición de bienes del jefe de Estado destituido por el Congreso, en medio de la crisis bancaria. La causa alcanzó además al ex titular del Banco Central Carlos Carvallo cuya esposa, la uruguaya María Silvia Vázquez, facturó casi 200 millones de guaraníes al Grupo Vázquez, propietario del Ueno Banc, que ya había renunciado.

El Congreso de Paraguay expulsó a Peña de su cargo, convirtiéndolo en el segundo presidente destituido por mal desempeño.